Chigusa Kobayashi 研究室
主宰者:Chigusa Kobayashi
理化学研究所・RIKEN Center for Computational Science
AI 要約(直近 5 年の研究成果)
本研究室は、タンパク質などの生体分子がどのように動作し、その構造変化がどのような生物学的機能を生み出すのかを、コンピュータシミュレーションによって解明する研究を行っています。特に、分子動力学法と呼ばれる計算手法を用いて、原子レベルでの分子運動を追跡することで、実験では直接観察が困難な反応経路や中間状態を明らかにすることに取り組んでいます。
主な研究対象は、細胞膜を貫通するイオンポンプやウイルスのタンパク質など、重要な生命現象に関わる膜タンパク質です。例えば、カルシウムイオンを輸送するポンプがATP(エネルギー物質)を使ってどのように構造を変えながら輸送を実現するのか、あるいは新型コロナウイルスのスパイク蛋白がどのような動きで宿主細胞に侵入するのかといった問題を調査しています。さらに、より大規模な生物学的現象をシミュレーションするため、粗視化モデルという計算効率化の手法や、スーパーコンピュータを活用した高速計算の最適化にも注力しており、これらの工夫により現実的な時間スケールの分子現象を捉えることが可能になっています。
※ AI(Claude)が、公開されている論文要旨から研究の問い・手法・主要な発見を事実情報として抽出・再構成して自動生成しています。誤りを含む可能性があるため、正確性は研究室公式情報でご確認ください。
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関連研究室(8 件)
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研究成果(17 件)
- DOI: https://doi.org/10.1145/3773656.3773671
- DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2502642122
- DOI: https://doi.org/10.1145/3736273.3736292
- DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c02096
- DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.27124
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2022.11.2301
- DOI: https://doi.org/10.2142/biophysico.bppb-v20.0041
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.111760
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009578
- DOI: https://doi.org/10.7554/elife.75720
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- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2021.11.491
- DOI: https://doi.org/10.2139/ssrn.4018622
- DOI: https://doi.org/10.2142/biophys.62.298
- DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2105507118
- DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00185
- [2021] Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain ProteinsDOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00286
- [2021] Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-proteinDOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2021.01.012
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