Kenta Nakai 研究室
主宰者:Kenta Nakai
東京大学
AI 要約(直近 5 年の研究成果)
本研究室は、生物学的データの解析と予測を行う計算生物学の研究に取り組んでいます。単一細胞レベルの遺伝子発現データ、空間的な転写物の分布、遺伝子制御ネットワーク、クロマチン構造など、複雑で大規模な生物学的情報を対象としています。特に、細胞の多様性や組織内での空間的な構造、細胞状態の変化に伴う遺伝子発現パターンの変動を理解することに焦点を当てています。
研究の手法としては、機械学習と深層学習の技術を活用した計算解析を中心に進めています。グラフニューラルネットワークや拡散モデルなどの先進的なアルゴリズムを開発し、それらを単一細胞RNA配列解析データやDNA配列、画像情報などの複数様式データの統合解析に応用しています。また、ウェブベースのプラットフォームの構築により、研究者が容易に自動化された深層学習解析を実施できる環境を提供しています。
主な研究成果としては、がん免疫応答の機構解明、白血病治療に向けた予測バイオマーカーの発見、脳発生の進化的起源の理解など、基礎科学から医学応用まで幅広い領域での成果が報告されています。データの欠損値補完、細胞型の自動分類、空間領域の同定といった技術的課題の解決を通じて、生物医学研究における新たな知見の発見を支援しています。
※ AI(Claude)が、公開されている論文要旨から研究の問い・手法・主要な発見を事実情報として抽出・再構成して自動生成しています。誤りを含む可能性があるため、正確性は研究室公式情報でご確認ください。
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研究成果(39 件)
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- DOI: https://doi.org/10.1186/s12911-026-03514-0
- DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbaf390
- DOI: https://doi.org/10.1186/s12859-025-06128-x
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2025.03.007
- DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-025-56276-0
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.04.001
- DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-4623-6_16
- DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbaf678
- DOI: https://doi.org/10.1111/cas.70170
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- [2024] Genome-wide ATAC-see screening identifies TFDP1 as a modulator of global chromatin accessibilityDOI: https://doi.org/10.1038/s41588-024-01658-1
- DOI: https://doi.org/10.7717/peerj.17073
- [2024] HyGAnno: hybrid graph neural network–based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing dataDOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbae152
- DOI: https://doi.org/10.3390/ijms26010111
- [2024] Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancerDOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2024.1497251
- DOI: https://doi.org/10.1182/blood-2024-206818
- DOI: https://doi.org/10.1093/nargab/lqae149
- DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2024.1444459
- DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.29851
- DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2024.1407765
- DOI: https://doi.org/10.1093/nargab/lqae067
- DOI: https://doi.org/10.1093/nargab/lqae050
- DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1304778
- [2023] Epigenetic characterization of housekeeping core promoters and their importance in tumor suppressionDOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkad1164
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.ijrobp.2023.06.470
- DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbad352
- DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-023-01891-9
- DOI: https://doi.org/10.1038/s43587-023-00464-4
- DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkad055
- DOI: https://doi.org/10.1186/s13059-022-02780-1
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- DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac352
- DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac317
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0243595
- DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2021.681259
- DOI: https://doi.org/10.1186/s12859-021-03999-8
- [2021] A bacterial small RNA regulates the adaptation of Helicobacter pylori to the host environmentDOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-22317-7
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