Sarah J. Berkemer 研究室

主宰者：Sarah J. Berkemer
東京工業大学

AI 要約（直近 5 年の研究成果）

Sarah J. Berkemer研究室では、RNA分子の構造と機能を計算アルゴリズムの観点から研究しています。特に、繰り返し配列からなるRNAの二次構造予測に注力しており、エネルギー最小化に基づいて安定な構造を高速に計算する手法を開発しています。また、複数のRNA分子が相互作用する際の構造変化を予測するアルゴリズムも設計し、従来よりも効率的な計算を実現しています。 同時に、計算機科学の枠組みを生物学的問題に応用する基盤的な研究も推進しています。たとえば、グラフ理論に基づいた動的計画法という手法を自動設計することで、疑似結び目と呼ばれる複雑なRNA構造の予測問題に対応しています。さらに広く、制約充足問題として定式化できる生物情報学的な最適化問題を、統一的かつ柔軟に解く汎用フレームワークを構築しています。 このように、RNA構造解析を中心としながらも、計算機科学的な基礎理論と生物学的応用を結びつけることで、複雑な生物現象の予測と理解に貢献する研究を展開しています。

※ AI（Claude）が、公開されている論文要旨から研究の問い・手法・主要な発見を事実情報として抽出・再構成して自動生成しています。誤りを含む可能性があるため、正確性は研究室公式情報でご確認ください。

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