Osamu Miyashita 研究室
主宰者：Osamu Miyashita
理化学研究所・RIKEN Center for Computational Science
AI 要約（直近 5 年の研究成果）
本研究室は、生体分子の立体構造と動きを原子レベルの精密さで明らかにすることを目指しています。特に、放射光施設の最新装置であるX線自由電子レーザー（XFEL）や高速原子間力顕微鏡（HS-AFM）などの先端実験技術から得られるデータを処理・解析するための計算手法の開発に力を入れています。これらの実験は、生体分子を自然に近い状態で観察できる利点がある一方で、ノイズが多い、膨大なデータ量、原子構造の情報が不完全といった課題があります。
研究室では、こうした課題を解決するために複数のアプローチを組み合わせています。分子動力学シミュレーションで生成した構造サンプルを実験データに適合させる手法、大規模計算データを複数のコンピュータに分散させて処理する並列計算アルゴリズム、機械学習を用いた回折パターンからの構造予測などを開発・実装しています。特に、タンパク質などの巨大な生体分子が機能する際の大きな形の変化を、制限された実験データから原子的詳細度で推定することに成功しており、構造と機能の関係を理解する新たな道を開いています。
※ AI（Claude）が、公開されている論文要旨から研究の問い・手法・主要な発見を事実情報として抽出・再構成して自動生成しています。誤りを含む可能性があるため、正確性は研究室公式情報でご確認ください。
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研究成果（25 件）
- DOI: https://doi.org/10.1145/3784828.3786260
- DOI: https://doi.org/10.15034/0002002470
- DOI: https://doi.org/10.1063/4.0000597
- DOI: https://doi.org/10.3390/ijms27010356
- DOI: https://doi.org/10.1021/acsnano.5c10073
- DOI: https://doi.org/10.1063/4.0000779
- DOI: https://doi.org/10.1541/ieejias.144.288
- DOI: https://doi.org/10.1109/cluster59578.2024.00041
- DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c04189
- DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00858
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- DOI: https://doi.org/10.57483/0002000202
- [2023] Molecular size dependence on achievable resolution from XFEL single-particle 3D reconstructionDOI: https://doi.org/10.1063/4.0000175
- [2023] Structure determination using high-order spatial correlations in single-particle X-ray scatteringDOI: https://doi.org/10.1107/s2052252523009831
- DOI: https://doi.org/10.1145/3605573.3605636
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2023.167951
- [2022] A Methodology to Generate Efficient Neural Networks for Classification of Scientific DatasetsDOI: https://doi.org/10.1109/escience55777.2022.00052
- [2022] Identifying Structural Properties of Proteins from X-ray Free Electron Laser Diffraction PatternsDOI: https://doi.org/10.1109/escience55777.2022.00017
- DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.913860
- DOI: https://doi.org/10.1364/optica.457352
- DOI: https://doi.org/10.1541/ieejias.142.428
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.jsb.2022.107842
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2022.167483
- DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00602
- DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2021.704274
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