Shoji Takada 研究室
主宰者：Shoji Takada
京都大学
AI 要約（直近 5 年の研究成果）
本研究室は、タンパク質やDNA、脂質分子といった生命の分子成分がどのように構造を変化させ、相互に作用するかを理論計算で解き明かす研究を行っています。特に、ゲノムの3次元的な組織化と遺伝子の制御、DNA複製や転写といった生命現象の基盤となる分子的メカニズムに焦点を当てています。これらの現象は非常に複雑で、従来の実験手法だけでは完全な理解が難しいため、コンピュータを使った分子動力学シミュレーションを主要な手法として活用しています。
研究室では、細粒度から粗粒度まで複数のスケールでシミュレーション手法を駆使しています。例えば、SMC（染色体維持複合体）やコンデンシンといった環状のタンパク質複合体がATP（エネルギー分子）を利用してDNAを移動させるしくみ、CMGヘリカーゼが核内でDNAを解きほぐす際に障害物である核小体を越えるメカニズム、キネシン分子モーターが微小管上を歩くときの運動制御など、多くの生物分子モーターの動作原理を明らかにしています。さらに、原子間力顕微鏡などの実験データと計算を融合させることで、実験からは直接観測できない分子レベルの詳細な構造変化を推定する工夫も行っています。
近年の研究では、生体膜上でのタンパク質凝集体の振る舞いや、遺伝子制御領域の立体構造と転写調節の関連性といった、より複雑で広がりのある現象へと対象を広げています。これらの成果は、細胞の基本的なしくみを理解するだけでなく、将来の医療や生物学への応用にもつながる可能性があります。
※ AI（Claude）が、公開されている論文要旨から研究の問い・手法・主要な発見を事実情報として抽出・再構成して自動生成しています。誤りを含む可能性があるため、正確性は研究室公式情報でご確認ください。
外部リンク
関連研究室(8 件)
- 医学Motoko Yanagita 研究室Kyoto University Hospital論文 100 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +7
- 環境科学Hideki Kikumoto 研究室東京大学論文 169 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +3
- 医学Haruki Kume 研究室東京大学論文 100 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +5
- 生化学・分子生物学・遺伝学Keisuke Saito 研究室東京大学論文 100 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +4
- 材料科学Yuji C. Sasaki 研究室東京大学論文 116 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +4
- 医学Kouhei Tsumoto 研究室東京大学論文 100 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +4
- 物理学・天文学Tetsuya Taketsugu 研究室北海道大学論文 100 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +4
- 工学Hirokazu Sugiyama 研究室東京大学論文 102 件·共通: 古典物理, 力学, 基礎物理, 物理学 +3
研究成果（40 件）
- DOI: https://doi.org/10.7554/elife.106752.2
- [2025] Tension-induced suppression of allosteric conformational changes coordinates kinesin-1 steppingDOI: https://doi.org/10.1083/jcb.202501253
- [2025] Heterogeneous condensates of transcription factors in embryonic stem cells: Molecular simulationsDOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2025.04.001
- DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf189
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2024.11.479
- DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-025-65232-x
- DOI: https://doi.org/10.7554/elife.106602.3
- [2025] OpenCafeMol: A coarse-grained biomolecular simulator on GPU with its application to vesicle fusionDOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2025.07.012
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2025.169185
- DOI: https://doi.org/10.7554/elife.106602
続きを表示（残り 30 件）閉じる
- DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-024-06856-5
- [2024] Combining contact frequency and histone modification data to tune a coarse-grained chromatin modelDOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.11.2234
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.11.2991
- DOI: https://doi.org/10.1093/pnasnexus/pgae226
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2024.09.010
- DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-27057-2
- [2023] Extension of the iSoLF implicit-solvent coarse-grained model for multicomponent lipid bilayersDOI: https://doi.org/10.1063/5.0160417
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2023.07.015
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1011321
- [2023] Particle Smoother to Assimilate Asynchronous Movie Data of High-Speed AFM with MD SimulationsDOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c01268
- [2023] Removing the parachuting artifact using two-way scanning data in high-speed atomic force microscopyDOI: https://doi.org/10.2142/biophysico.bppb-v20.0006
- [2022] Using incomplete Cholesky factorization to increase the time step in molecular dynamics simulationsDOI: https://doi.org/10.1016/j.cam.2022.114519
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009578
- DOI: https://doi.org/10.2142/biophysico.bppb-v19.0015
- [2022] The stoichiometric interaction model for mesoscopic MD simulations of liquid-liquid phase separationDOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2022.10.001
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2022.09.034
- DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.882989
- DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00398
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009265
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009253
- DOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2021.636940
- DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009215
- DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2024324118
- DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.108999
- DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkab664
- DOI: https://doi.org/10.7554/elife.69096
- [2021] Modeling DNA Opening in the Eukaryotic Transcription Initiation Complexes via Coarse-Grained ModelsDOI: https://doi.org/10.3389/fmolb.2021.772486
- DOI: https://doi.org/10.1063/5.0057278
- DOI: https://doi.org/10.2142/biophys.61.144
- DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkab658
科研費（0 件）
まだデータがありません（KAKEN 取り込み後に表示）。
所属学会・役職（0 件）
まだデータがありません（学会データ連携後に表示）。